历史发展：
北京协和医学院、中国医学科学院(简称院校)实行院校合一的管理体制。院校的研究生教育始于1954年，截至1965年共招收培养研究生210余人(无学位)。“文革”期间，研究生教育被迫中断达10年之久。1978年院校恢复研究生招生，是国务院首批批准可授予博士、硕士学位的单位，也是实行单独考试和可面向港澳台招生的院校之一。目前，普通全日制在校研究生达3100余人。20多年来，协和毕业研究生达13000余人，授予硕士学位5400余人、博士学位4600余人，他们为国家医药卫生、科技和教育事业的发展做出了重要贡献。
重点学科：
院校研究生教育学科门类齐全，综合优势显著。覆盖理学、工学、医学、管理学和哲学5个学科门类，培养研究生的研究领域包括基础医学，临床医学，生物学，药学，公共卫生与预防医学，中西医结合，口腔医学，公共管理，生物医学工程，图书馆、情报与档案管理，科学技术与哲学等。
截至2009年12月，院校设有6个博士后科研流动站，已获得生物学、基础医学、临床医学、药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学和中西医结合7个一级学科博士学位授权点;一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科8个、三级学科国家重点学科2个、国家重点培育学科1个;一级学科北京市重点学科1个、二级学科北京市重点学科3个、三级学科北京市重点学科1个;拥有260多个实验室，其中国家实验室1个(筹)、国家级重点实验室4个、部委级重点实验室10个。
在ESI全球医学学科排名中(截至2018年5月)，中国大陆进入ESI临床医学全球前1%高校名单中，北京协和医学院排名居国内第四，世界第225。
在2017年教育部学位与研究生教育发展中心公布的第四轮学科评估结果中，北京协和医学院的基础医学和药学获得A+学科，分别与北京大学和中国药科大学并列第一。
A+学科：基础医学、药学
A学科：临床医学
A-学科：护理学
B学科：公共卫生与预防医学
B-学科：中药学
C+学科：中西医结合
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