一、摘要:
褪黑素,作为一种内源性激素,在肿瘤中发挥着重要的作用。除了在调节昼夜节律,睡眠和神经内分泌之外,褪黑素在多个生存相关通路发挥功能。然而,肿瘤中褪黑素调控机制尚不清楚。作者在33个癌症中对褪黑素调控子进行了综合表征。通过基因组,转录组,蛋白组,表观组学数据联合非编码RNA和药物基因组数据揭示了褪黑素调控子的基因组改变和临床特征,识别了潜在靶向褪黑素调控子的药物。为肿瘤临床治疗提供了一种新的可能。
二、材料方法:
GTEx正常组织表达数据;TCGA mRNA/miRNA, methylation, SNV, CNV, clinical数据;TCPA蛋白数据;GDSC药物敏感性数据
Pathway score;network;subtype
三、结果:
1.褪黑素调控子基因集表达和亚型分析
2.褪黑素调控子体细胞突变
3.褪黑素调控子拷贝数变异
4.褪黑素调控子甲基化分析
5.miRNA调控分析
6.通路活性分析
7.药物敏感性分析
总结:
文章主要基于TCGA 33个癌症的数据,从表达、突变、甲基化、miRNA、蛋白和药物敏感性层面,对褪黑素调控子进行了系统刻画和分析,最终构成了这篇13分的研究。有两个点值得思考,一是纯生信的文章有难度但是也有潜力;二是,分析一个基因集合也没有那么不堪。总体上还是不难的,毕竟没有特别复杂的算法,结合具有研究价值的基因set,例如前段时间的吞噬作用调控子,相信水平不会低。