目前,蛋白质组学研究的主要技术包括:双向(二维)聚丙烯酰胺凝胶电泳医学`教育网搜集整理(结合等电聚焦和IEJK)分离蛋白质,在固相载体上形成蛋白质-多肽图谱,用敏感的方法染色(如银染)并用图像分析电子计算机进行鉴定;将蛋白质点切下,用酶消化,进一步用氨基酸分析、质谱分析等进行鉴定;或结合蛋白质的毛细管电泳,高效液相色谱技术(HPLC)以至蛋白质芯片进行鉴定。
蛋白质芯片是近年来蛋白质组学研究中兴起的一种新的方法,它类似于基因芯片,是将蛋白质点到固相物质上,然后与要检测的组织或细胞等进行“杂交”,再通过自动化仪器分析得出结果。这里所指的“杂交”是指蛋白与蛋白之间如(抗体与抗原)在空间构象上能特异性的相互识别。此方法与传统的研究方法相比具有如下优点:①蛋白质芯片是一种高通量的研究方法,能在一次实验中提供相当大的信息量,使我们能够全面、准确的研究蛋白表达谱,这是传统的蛋白研究方法无法做到的。②蛋白质组芯片的灵敏度高,它可以检测出蛋白样品中微量蛋白的存在,检测水平已达ng级。美国科学家Haab等运用绿色荧光标记抗体微阵列,用红色荧光标记蛋白混和物,并运用计算机识别(R/G)的信号强弱,来进行检测,检测水平可达到1ng/ml.③蛋白质芯片具有高度的准确性。
蛋白质组芯片可用于蛋白质组学研究中的各个领域,具体来说大致可分为三个方面:研究蛋白质与蛋白质之间的相互作用,筛选新的蛋白质;蛋白质芯片能够用于现在其它方法不能检测到的,如蛋白质-药物、蛋白质-脂质之间的相互作用;蛋白质组芯片还可用于检测蛋白与小分子物质的作用。例如蛋白质与DNA,RNA分子等。蛋白质芯片的制作是决定其运用的关键因素之一,蛋白质组芯片的制作比当前流行DNA芯片制作要复杂,特别是涉及大量不同种类的蛋白的高效表达与纯化。因此,蛋白质芯片制作存在费时、费力且成本较高等不足,限制了其在临床的应用。