隐蔽抗原指体内某些与免疫系统在解剖位置上处于隔绝部位的抗原成分。按Burnet学说，由于这些抗原在胚胎期未曾与免疫系统发生过接触，故体内能与这些抗原起反应的免疫活性细胞未消失。在手术、外体或感染等性况下，隐蔽抗原释入血流或淋巴道与免疫系统接触，从而发生自身免疫。精子、眼晶状体、神经髓鞘磷脂碱性蛋白、某些器官、细胞(如甲状腺、胃壁细胞等)特异的微粒体抗原属此类型。实验证明，将眼晶状体或精子抗原注入动物自身体内，可诱发自身抗体。人体输精管结扎可形成抗自身精子的抗体以及眼球损伤后则可发生交感性眼炎。
(二)经改变的自身抗原
一系列生物、物理、化学因子均可使自身抗原成分改变以致引起自身免疫反应。微生物感染机体，破坏组织、细胞造成自身组织抗原改变，使之成为非已的物质而产生自身抗体。例如肺炎支原体感染可改变红细胞表面的Ⅰ血型抗原，产生抗红细胞的冷凝集素。又如在感染过程中，中性粒细胞吞噬细菌后释放出溶酶体酶，改变了自身IgG分子结构。这种变性的IgG可作为非已物质刺激机体产生抗IgG抗体，这种抗体主要是IgM，即类风湿因子。类风湿因子。类风湿因子在少部分正常人(老年人)中以及在很多慢性病患者体内均可发现，如梅毒、瘤型麻风、结核、乙型肝炎以及一些寄生虫感染。此外，溶酶体酶也可改变自身细胞表面抗原，使产生抗粒细胞抗体，引起粒细胞减少。
近年来人们注意到病毒感染与自身免疫的发生有密切关系，如风疹和乙型肝炎病毒感染后可发生血管炎和关节炎;巨细胞病毒和EB病毒感染可引起Coombs试验阳性的溶血性贫血;系统性红斑狼疮(SLE)患者血清中可测出抗麻疹病毒、EB病毒等抗体。
在病毒感染如乙型肝炎病人中还常发现抗核抗体、抗线粒体、抗平滑肌抗全等多种自身抗体。现已知病毒感染宿主时，在病毒进入细胞复制繁殖的过程中，病毒抗原能整合到宿主细胞表面，使宿主细胞膜抗原或组织相容性抗原、微丝肌动蛋白等成分发生改变。
化学药物引起自身抗原的改变也并不少见。如长期服用α-甲基多巴的患者中有10%～15%Coomba试验阳性，约有1%可发生自身溶血性贫血。这种病人在红细胞成熟过程中受药物影响改变了红细胞膜上的Rh系统的e抗原，产生抗红细胞抗体。又如长期服用肼苯达嗪、普鲁卡因酰胺、异烟肼等药物可引起红斑狼疮样综合症，常可测得抗核抗体。这些药物能与细胞内组蛋白或DNA结合，改变自身组织成分产生自身抗体。长期来观察到组织中损伤也可引起自身免疫反应，推测可能
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